微藻储存的化学能以油类如中性脂质或甘油三酸酯形式存在；微藻油可被提取和通过与短链醇类反酯化转化成生物柴油，或通过脂肪酸加氢生产线性烃类，用作为燃料组分。微藻也可合成其他燃料产品，如氢气、乙醇和类似于原油的长链烃类。微藻生物质可通过厌氧发酵转化为生物气体（沼气）。

    尽管拥有潜力，但与基于陆地的能源作物比较，微藻的生产能力目前还受到一定限制。

    目前全世界微藻制造的基础设施(生产~5000吨干的微藻生物质当量)可抽取高价值产品，提取如类胡萝卜素和ω-3脂肪酸，可用于食物和饲料成份。 

    微藻类生物燃料的生产需要大规模和低的成本。如果欧洲所有运输燃料由生物柴油替代，则每年需要近4亿m3。如果这些生物柴油通过微藻来供应，则需要925万公顷(近葡萄牙面积)土地来培殖才能供应欧洲市场，假设生产效率为4万升/公顷•年。这一生产能力基于3%的太阳能转化成生物质(理论最大值为9%)和生物量含油量为50%，以葡萄牙光照条件为基准。

    因此，微藻技术的发展仍需要有一个飞跃。图1示出理想的微藻特征。
René H. Wijffels 和Maria J. Barbosa等人有关这一微藻生物燃料观点已在《科学杂志（journal Science）》上发表。